項目管理軟件在項目開展的整個過程中發揮重要作用，包括立項、計劃、執行、控制、核算等。項目管理軟件在項目前期幫助項目團隊設立項目任務、項目資源、項目模板等基礎數據，為項目設立里程碑、成果交付物、估算項目成本，為規范項目運作提供保障。
項目管理軟件在項目中期幫助項目團隊分解任務結構、計劃任務時間、分配項目資源、跟蹤項目進度、記錄人員工時等，保證項目開展過程中的溝通、項目問題、文檔、成果物、產值等卓效執行，合理控制項目成本。項目管理軟件在項目后期幫助項目團隊統計項目產值、分攤項目成本、結算項目收入，考核項目效益與項目團隊表現。
相比于穿沖的項目管理方法，項目管理軟件可以對項目全程實時監控減少偏差，項目執行過程中的責任明確到人，項目管理需要通過眾多項目的開展來找到一個適合自身執行的管理方法，從而總結項目方法統計項目數據，為管理積累重要數據，逐漸形成一套完備的管理方法。