企業借助項目管理軟件將混亂的管理得到控制。項目管理軟件本身也是較為復雜的工具，對于項目經理來說，熟練掌握工程項目管理軟件是需要的。更基礎的是要會項目申請，項目立項、會建立活動、會提交工時表、懂需求變更，會利用工具做報表等等。
項目的實施過程是一個漫長的過程，這其中會遇到許多影響項目的因素，對于項目經理來說，如何能及時發現問題，調整項目是非常重要的。這時需要項目經理能夠根據項目管理軟件的數據反饋追蹤項目的進度，能夠發現具體問題所在，及時解決問題。
往往實際情況是多個項目同時執行，這時需要項目經理能夠使用項目管理軟件的多項目管理功能，對項目之間的資源進行調配，或者項目之間依賴關系的管理等等。
項目管理經理熟練掌握工程項目管理軟件是需要的，可是只有連同項目管理軟件背后的管理原理一起掌握，才能夠用所學知識，解釋企業生產經營管理活動所采用的相關理論，才能夠具備發現企業管理現存的關鍵問題。
使用操作工程項目管理軟件只是更基本的能力，對于一般人來說都是非常簡單的。真實掌握項目管理軟件核心的會應用項目管理軟件的人卻并不多。但恰恰只有會應用項目管理軟件的人才能夠深刻理解并能夠融會貫通的使用。